1862 in Schweinfurt geboren, wuchs Theodor Fischer in einem protestantischen Kaufmannshaus auf und kam nach dem Abitur 1880 zum Studium der Architektur zu Prof. Friedrich von Thiersch an die Technische Hochschule in München. Anschließend sammelte er beruflich Erfahrungen in Berlin und Dresden. Zurück in der bayerischen Landeshauptstadt, nahm er als Vorstand des Stadterweiterungsbüros ab 1893 großen Einfluss auf die Münchner Stadtplanung (vgl. etwa seine bis 1976 gültige Staffelbauordnung). Auch entwarf er hier neben verschiedenen Wohnbauten u. a. fünf Schulen (darunter die Schwabinger Volksschulen an der Haimhauserstraße und am Elisabethplatz) gemäß den Vorstellungen des Reformpädagogen Georg Kerschensteiner sowie die Prinzregenten-, Max-Joseph- und Wittelsbacherbrücke, die 1899 durch Hochwasser zerstört worden waren. Weitere Werke Fischers sind beispielsweise das Marionettentheater in der Blumenstraße und der Bismarckturm auf der Rottmannshöhe am Starnberger See. 1901 wurde Fischer an die Technische Hochschule in Stuttgart berufen und so zum Begründer der "Stuttgarter Schule".
Ende 1908 kehrte er als Professor für Baukunst an die Technische Hochschule nach München zurück und erhielt zugleich den Auftrag zum Neubau des hiesigen Polizeipräsidiums in der Ettstraße. Den Nationalsozialisiten war er aus religiösen wie künstlerischen Gründen suspekt. Theodor Fischer verstarb am 25. Dezember 1938 in München.
Seit 1883 in der Giselastraße 27 wohnhaft und damit Gemeindemitglied, war Fischer von Anfang an am Bau der Erlöserkirche sehr interessiert. Deshalb bat er seinen städtischen Arbeitgeber um Genehmigung, privat die künstlerische Oberleitung hierfür übernehmen zu dürfen. Die Erlöserkirche war sein erster Sakralbau; für ihn entwarf er auch die Ausstattung. Diesem Projekt folgten weitere protestantische Kirchen z. B. in Stuttgart (Erlöserkirche), Ulm (Garnisonskirche), Gauting (Christuskirche) und Planegg (Waldkirche). So wurde Fischer zum namhafteten Vertreter des protestantischen Kirchenbaus im ersten Viertel des 20. Jahrhunderts in Süddeutschland.